Registre sanitaire ovin et caprin : ce que la loi exige vraiment

Le registre sanitaire d'un élevage ovin ou caprin, aussi appelé carnet sanitaire ou registre des traitements, garde la trace de chaque traitement : dates, médicament, quantité, bêtes traitées, fournisseur et preuve d'achat, vétérinaire et délai d'attente viande et lait. Tout ce qui figure déjà sur l'ordonnance n'a pas à être recopié : il suffit d'en garder une copie. L'ensemble se conserve au moins cinq ans, et le suivi des traitements peut être tenu sur informatique à condition d'être imprimé au moins chaque trimestre.

Le suivi sanitaire d'un troupeau ovin ou caprin mélange trois choses. Ce que votre métier vous fait faire naturellement. Les textes de loi, français et européens, que personne n'a lus en entier. Et les avis plus ou moins fiables qui circulent sur les réseaux.

Les deux premiers sont incontournables. Le troisième, on peut s'en passer.

Cet article fait le tri : ce que votre registre doit contenir, les obligations qui s'appliquent selon la taille de votre élevage, ce que regarde un contrôleur, et trois habitudes qui font gagner du temps.

Que doit contenir votre registre sanitaire ?

Depuis le 28 janvier 2022, la liste est fixée par un règlement européen (règlement (UE) 2019/6, article 108), qui s'applique directement en France. Pour chaque traitement, votre registre doit permettre de retrouver neuf informations.

Prenons un cas courant : trois de vos brebis sont malades. Votre vétérinaire passe, vous laisse une ordonnance et un flacon. Voici ce que vous devez pouvoir retrouver, et où ces informations se trouvent en général :

Ça fait beaucoup ? C'est là qu'est la bonne nouvelle : ce qui est déjà écrit sur l'ordonnance n'a pas besoin d'être recopié. Le règlement le prévoit explicitement. Vous gardez la copie de l'ordonnance avec votre registre, et c'est réglé. En pratique, il vous reste surtout à noter les dates du traitement et à classer la facture ou le bon de livraison.

Pour un médicament délivré sans ordonnance, en revanche, tout est à noter vous-même, et la facture ou le bon de livraison est à classer.

Tout cela se conserve au moins cinq ans.

Le délai d'attente : celui de l'ordonnance fait foi

Le délai d'attente, c'est la période pendant laquelle la viande ou le lait d'une bête traitée ne doit pas servir à l'alimentation humaine : ni être vendu, ni être transformé (fromage, yaourts…), ni être consommé. Celui qui compte est celui que votre vétérinaire inscrit sur l'ordonnance : c'est une mention obligatoire, même quand il est de zéro jour.

À noter : la notice ne suffit pas toujours. Le délai inscrit par le vétérinaire ne peut jamais être plus court que celui de la notice. Mais quand il utilise un médicament en dehors de ce que prévoit la notice (autre espèce, dose plus forte, traitement plus long), il fixe lui-même un délai plus long. Et en agriculture biologique, le délai d'attente est doublé, avec un minimum de 48 heures. Sources : règlement (UE) 2019/6, art. 105 et 115 ; règlement (UE) 2018/848, annexe II.

Ce que la France ajoute : le registre d'élevage

En France, le volet sanitaire fait partie d'un ensemble plus large : le registre d'élevage, défini par l'arrêté du 5 juin 2000. Pour les ovins et caprins, il comprend aussi le registre d'identification : documents de circulation, recensement annuel et liste des boucles posées avec leur date de pose, que beaucoup d'éleveurs tiennent via leur carnet d'agnelage.

Côté sanitaire, vous devez y classer :

• vos ordonnances ;
• vos résultats d'analyses ;
• les comptes rendus de visite et les bilans sanitaires.

Pour chaque traitement, vous notez aussi la date de début et la date de fin. La voie d'administration et la dose peuvent se résumer à un renvoi à l'ordonnance.

À chaque passage, votre vétérinaire doit viser le registre : il y inscrit la date, son nom, ses observations, les traitements prescrits et les délais d'attente, ou simplement un renvoi à l'ordonnance qu'il vous laisse.

Quelles obligations sanitaires s'appliquent à votre élevage ?

Trois obligations s'appliquent à tous les élevages ovins et caprins, quelle que soit leur taille : désigner un vétérinaire sanitaire, faire dépister la brucellose et déclarer les séries d'avortements. Au-delà de 40 ovins ou de 20 caprins reproducteurs, s'y ajoute une visite sanitaire obligatoire tous les deux ans.

Le dépistage de la brucellose

Concrètement, votre vétérinaire sanitaire vient faire des prises de sang sur une partie de vos bêtes. Le rythme dépend de votre département : chaque année, tous les trois ans ou tous les cinq ans selon les cas. C'est votre GDS ou votre DDPP qui vous prévient quand c'est votre tour.

Les très petits détenteurs peuvent en être dispensés sous conditions, qui varient selon les départements : votre GDS vous dira ce qui s'applique chez vous.

Les avortements : à déclarer dès trois en une semaine

Si vous avez trois avortements ou plus en sept jours ou moins, vous devez prévenir votre vétérinaire sanitaire. Rien ne vous empêche de l'appeler dès le premier. Et la recherche de brucellose qui suit (déplacement, prélèvements, analyses) est prise en charge par l'État.

À noter : un mort-né compte comme un avortement. Au sens de la réglementation, un avortement, c'est aussi la naissance d'un agneau ou d'un chevreau mort-né, ou qui meurt dans les 12 heures, sauf cause manifestement accidentelle. La règle est la même pour les ovins et les caprins. Sources : arrêté du 10 octobre 2013 relatif à la brucellose ovine et caprine ; instructions DGAL 2014-156 et 2014-522.

La visite sanitaire obligatoire

Au-delà de 40 ovins ou 20 caprins reproducteurs, votre vétérinaire sanitaire vient tous les deux ans pour une visite payée par l'État. Ce n'est pas un contrôle : c'est une heure d'échange autour d'un thème. En cas de doute sur le fait d'être concerné, votre vétérinaire sanitaire ou votre DDPP pourra vous le confirmer.

À ne pas confondre : le bilan sanitaire d'élevage

Le bilan sanitaire annuel que vous pouvez faire avec votre vétérinaire est une démarche privée, distincte de la visite obligatoire. Avec le protocole de soins qui l'accompagne, il permet à votre vétérinaire de vous prescrire certains traitements sans revenir examiner les bêtes à chaque fois. Il ne dispense pas d'ordonnance pour autant.

Que vérifie un contrôle sanitaire en élevage ?

Le cœur du contrôle, c'est le test médicament : l'inspecteur choisit au moins trois médicaments dans votre pharmacie et remonte toute leur histoire, de l'achat jusqu'au départ des bêtes traitées. Ce contrôle peut venir de la DDPP, ou être réalisé dans le cadre de la PAC.

Pour chaque médicament choisi, il vérifie :

1. que le médicament est autorisé, et acheté auprès d'un fournisseur autorisé (vétérinaire, pharmacie…) ;
2. que l'ordonnance correspondante est bien là ;
3. que le traitement est enregistré et conforme à la prescription : bêtes désignées, dose, durée ;
4. que le délai d'attente a été respecté. Pour la viande, en comparant les dates de traitement avec les départs à l'abattoir. Pour le lait, en vérifiant que les bêtes traitées sont bien repérées et leur lait écarté.

Il regarde aussi la pharmacie elle-même : médicaments périmés, flacons entamés, réfrigérateur pour les produits à conserver au froid. Enfin, il vise votre registre.

Tenir un registre approximatif en se disant que personne ne vérifiera, est-ce un bon calcul ? Franchement, non. Ça peut coûter une amende, une réduction de vos aides PAC… et surtout, faire courir un vrai risque si une bête traitée part trop tôt.

Registre sanitaire : papier ou numérique ?

Un peu des deux. La loi impose le papier pour une partie du registre, mais autorise le numérique pour la partie la plus lourde : le suivi des traitements.

Ce qui doit rester sur papier :

• les documents qu'on vous remet : ordonnances, résultats d'analyses, comptes rendus de visite ;
• un cahier relié aux pages numérotées, où votre vétérinaire, et un contrôleur le cas échéant, note ses observations et signe à chaque passage.

Ce qui peut être tenu sur informatique :

• l'enregistrement des traitements, à condition d'en imprimer une version papier au moins une fois par trimestre, à chaque visite du vétérinaire et à toute demande d'un contrôleur.

Source : arrêté du 5 juin 2000 relatif au registre d'élevage, article 10.

Un texte qui date de juin 2000

Ce texte qui impose le papier date de juin 2000 et n'a pas bougé sur ce point depuis. À l'époque, on tournait sous Windows 98, et le smartphone tel qu'on le connaît n'existait pas. Comme ces vieux logiciels jamais mis à jour : ils marchent encore, mais ne collent plus à la façon dont on travaille.

Pourtant, un registre informatique bien tenu, ce sont des traitements datés, rattachés à la bonne bête, impossibles à perdre dans un tiroir, et retrouvés en quelques secondes le jour d'un contrôle. On peut espérer que la loi fasse un jour sa mise à jour, elle aussi.

En attendant, la règle est la même pour tout le monde. Une application comme Troupeasy peut alléger la partie la plus lourde : chaque traitement saisi une fois, rattaché à la bonne bête ou au bon lot, avec la fin du délai d'attente calculée et affichée. Mais aucun outil ne dispense de la version papier trimestrielle, ni du cahier que le vétérinaire signe. Et un classeur bien tenu reste parfaitement valable : ce qui compte, c'est que l'information soit complète et retrouvable.

Trois bonnes pratiques pour un suivi sanitaire sans mauvaise surprise

Ce ne sont pas des obligations, mais des gestes simples qui font gagner du temps.

1. Ranger chaque ordonnance avec la facture du médicament

Vous pouvez ranger chaque ordonnance avec la facture correspondante. D'un coup, la preuve d'achat et le fournisseur sont au même endroit : exactement ce que l'inspecteur demande lors du test médicament.

2. Noter la date d'ouverture sur chaque flacon

L'idéal, c'est d'écrire la date d'ouverture sur chaque flacon entamé. Un flacon injectable ouvert se garde en général 28 jours, sauf si la notice dit autre chose (pour les vaccins, c'est souvent quelques heures). C'est un point que l'inspecteur regarde, et une pharmacie bien tenue montre tout de suite que votre suivi est rigoureux.

3. Faire une coproscopie avant de vermifuger

Avant de vermifuger un lot, vous pouvez faire analyser les crottes de quelques bêtes : c'est la coproscopie. Elle vous dit si le lot a vraiment besoin d'être traité. Ça évite des traitements inutiles et ça limite les résistances aux vermifuges.

En résumé

• Votre registre garde la trace de chaque traitement ; ce qui est sur l'ordonnance n'est pas à recopier ; tout se conserve au moins cinq ans.
• Pour tous les élevages : un vétérinaire sanitaire désigné, le dépistage de la brucellose, la déclaration des avortements dès trois en sept jours. Au-delà de 40 ovins ou 20 caprins reproducteurs : une visite sanitaire tous les deux ans, payée par l'État.
• Papier ou numérique : les traitements peuvent être suivis sur informatique, à condition de les imprimer au moins chaque trimestre et à chaque visite du vétérinaire.

Votre registre sanitaire fait aussi partie de ce qui peut être vérifié pour toucher les aides PAC. Pour savoir à quelles aides vous avez droit, vous pouvez consulter nos guides sur l'aide ovine et l'aide caprine.

Et si vous voulez voir à quoi ressemble un suivi des traitements sur téléphone ou sur ordinateur, vous pouvez Troupeasy :

Cet article est une synthèse des textes réglementaires et des pratiques de suivi sanitaire en élevage ovin et caprin, vérifiée le 7 octobre 2026. Il ne remplace pas les consignes de votre vétérinaire, de votre DDPP ou de votre GDS : c'est à vous, éleveur, de vérifier auprès d'eux ce qui s'applique à votre élevage.

Questions fréquentes

Combien de temps faut-il conserver son registre sanitaire ?

Au moins cinq ans. C'est la durée fixée par le règlement européen 2019/6 pour le registre des médicaments et par l'arrêté du 5 juin 2000 pour le registre d'élevage. Les ordonnances et le questionnaire de la visite sanitaire obligatoire se gardent aussi cinq ans.

Faut-il recopier l'ordonnance dans le registre des traitements ?

Non. Les informations déjà présentes sur l'ordonnance (médicament, bêtes traitées, vétérinaire, délai d'attente…) n'ont pas à être recopiées : il suffit de conserver la copie de l'ordonnance dans le registre. Il reste à noter les dates de début et de fin du traitement et à classer la facture ou le bon de livraison.

Peut-on tenir son registre des traitements sur ordinateur ou sur téléphone ?

Oui, à condition d'en imprimer une version papier au moins une fois par trimestre, à chaque visite du vétérinaire et à toute demande d'un contrôleur. Les ordonnances, les résultats d'analyses et le cahier paginé où le vétérinaire signe restent sur papier.

La visite sanitaire obligatoire, est-ce un contrôle ?

Non. C'est un échange d'environ une heure avec votre vétérinaire sanitaire, tous les deux ans, payé par l'État. Elle concerne les élevages de plus de 40 ovins ou de plus de 20 caprins reproducteurs. Le questionnaire se garde cinq ans dans le registre.

À partir de combien d'avortements faut-il prévenir son vétérinaire ?

En élevage ovin ou caprin, la déclaration au vétérinaire sanitaire est obligatoire dès trois avortements ou plus en sept jours ou moins. Les agneaux ou chevreaux mort-nés, ou morts dans les douze heures, comptent comme des avortements. La recherche de brucellose qui suit est prise en charge par l'État.

Sources

• Règlement (UE) 2019/6 relatif aux médicaments vétérinaires, articles 105, 108 et 115.
• Règlement (UE) 2018/848 relatif à la production biologique, annexe II, partie II, point 1.5.2.5.
• Arrêté du 5 juin 2000 relatif au registre d'élevage, articles 7, 9, 10 et 11.
• Code rural et de la pêche maritime, article R. 203-1 ; formulaire Cerfa n° 15983.
• Arrêté du 10 octobre 2013 relatif à la brucellose ovine et caprine ; instructions DGAL/SDSPA/2014-156 et 2014-522.
• Arrêté du 24 septembre 2015 relatif aux visites sanitaires ; instruction technique DGAL/SDSBEA/2025-586.
• DGAL, vade-mecum « Pharmacie en élevage » (2022) ; fiche conditionnalité 2026 « Santé animaux I – Paquet hygiène » (Télépac).